Rafael est sorti en huitièmes de finale de l'Open d'Australie sur le score de 7-5, 3-6, 1-6, 7-6(7-3), 6-2 par l'Australien Lleyton Hewitt, qui l'avait éliminé dans le même tournoi un an plus tôt. Néanmoins, c'est la premiere fois de sa carrière qu'il atteint la deuxieme semaine d'un tournoi majeur. Au Masters de Miami où Rafael Nadal est dominé en 5 sets 2-6, 6-7, 7-6, 6-3, 6-1 par Federer après avoir gagné les 2 premières manches.
Le 17 avril, l'Espagnol l'emporte sur Guillermo Coria à Monte-Carlo en quatre sets 6-3, 6-1, 0-6, 7-5. Il gagne également face au Français Gaël Monfils : 6-3, 6-2. En demi, mené 7-6(8-6) et 2-0 par un autre Français, Richard Gasquet il s'impose finalement 6-4,6-3 dans les deux dernières manches. Sur sa lancée du tournoi de Barcelone où il l'emporte (6-1, 7-6, 6-3) contre son compatriote Juan Carlos Ferrero en finale, Nadal enchaîne trois tours du tournoi de Rome. En quarts, il bat Radek ¦těpánek (5-7, 6-1, 6-1) puis David Ferrer (4-6, 6-4, 7-5) en demi-finale. Le 2 mai, il bat en finale l'Argentin Guillermo Coria, finaliste à Roland Garros l'année précédente, en cinq sets (6-4, 3-6, 6-3, 4-6, 7-6) pendant 5h14. Nadal, qui déclarera après le match qu'il vient de gagner "le match le plus dur de sa vie", devient le favori des Internationaux de France.
Nadal à Wimbledon 2005Aux premier et deuxième tours, il élimine l'Allemand Burgsmuller (6-1, 7-6(7-4), 6-1) puis le Belge Xavier Malisse 6-2,6-2,6-3 en trois sets. Au 3e tour, il élimine Richard Gasquet en trois manches 6-4,6-3,6-2. En huitième de finale, Sébastien Grosjean est le premier à lui prendre un set 6-4, 3-6, 6-0, 6-3, au terme d'un match interrompu durant un quart d'heure à cause des sifflets du public envers l'arbitre, après une action litigieuse. En 1/4 de finale, il élimine son compatriote David Ferrer 7-5, 6-2, 6-0. En demi-finale, Nadal bat Roger Federer 6-3, 4-6, 6-4, 6-3. Il remporte la finale face à l'Argentin Mariano Puerta 6-7 (6-8), 6-3, 6-1, 7-5 en 3h24.
Dans la première manche, Nadal mène 2 à 0 mais son adversaire revient à 3 partout et les deux joueurs doivent disputer un tie break. Rafael Nadal prend l'avantage 3-2 mais c'est Mariano Puerta qui l'emporte finalement 8-6 en 1 h 12. Au deuxième set, le prodige espagnol breake au quatrième jeu et gagne finalement 6-3. L'Argentin a fait le show mais il craque au troisième set 6-1 après 2 h 21 de match. Dans la quatrième manche, l'Argentin domine mais perd finalement contre Nadal qui écarte 3 balles de 2 sets partout avant de gagner 7-5. Le trophée lui est remis par le footballeur français Zinedine Zidane.
Dans les autres tournois du Grand Chelem, Nadal ne connaîtra pas la même réussite. Il est en effet éliminé au deuxième tour de Wimbledon par le Luxembourgeois Gilles Muller (6-4,4-6,6-3,6-4) et au troisième tour de l'US Open par l'américain James Blake (6-4,4-6,6-3,6-1).
À Bastad, le Majorquin gagne en finale, contre Tomas Berdych (2-6, 6-2, 6-4). Il enchaîne par le tournoi de Stuttgart, qu'il remporte. Il gagne également le Masters du Canada, sur dur, face à Andre Agassi par 6-3, 4-6, 6-2. Son dernier titre de la saison, Rafael Nadal l'obtient au Masters de Madrid sur dur, face au Croate Ivan Ljubičić. Mené 2 sets à 0 (3-6, 2-6), Nadal, gagne les deux manches suivantes (6-3,6-4). Il remporte la cinquième manche au tie break par 7 à 3.